Totodată, prin acest proiect este propusă stabilirea ierarhiei competenței și atribuțiilor părților implicare în gestionarea Fondului.

Astfel, Guvernul urmează să aprobe obiectivele strategice ale politicii statului în domeniul protecției mediului; modul de gestionare a mijloacelor financiare ale FNM și cel de organizare și funcționare a soluțiilor de tehnologie a informației, implementate în activitatea de administrare a acestuia; să decidă atribuirea competenței de administrare a Fondului; să propună Legislativului aprobarea mijloacelor financiare alocate FNM etc.

Monitorizarea și evaluarea implementării politicii de stat în procesul de administrare a FNM, aprobarea cadrul normativ privind modul de identificare, evaluare, selectare, aprobare, contractare și monitorizare a implementării proiectelor în domeniul protecției mediului, precum și de evaluare post-implementare, examinarea rapoartelor de activitate în procesul de administrare a Fondului, a altor rapoarte și informații privind activitatea FNM vor fi transmise în competența autorității centrale pentru resursele naturale și mediu.

Structura organizațională din sistemul administrativ al autorității centrale pentru resursele naturale și mediu va întreprinde măsuri pentru identificarea surselor suplimentare de finanțare a proiectelor în domeniul protecției mediului, va coordona activitățile autorităților și instituțiilor publice și a persoanelor juridice de drept privat implicate în implementarea proiectelor finanțate de FNM, va asigura desfășurarea procedurile de identificare, evaluare, selectare, finanțare și monitorizare a proiectelor în domeniul protecției mediului etc., asigurând transparența în procesul de administrare a mijloacelor financiare ale Fondului și implementarea proiectelor.

Potrivit documentului, sursele de constituire ale FNM sunt alocațiile anuale de la bugetul de stat, cele oferite de partenerii de dezvoltare, precum și alte surse ce nu contravin legislației. Distribuirea anuală a mijloacelor financiare ale Fondului se va efectua în conformitate cu legea bugetului de stat, fiind aprobate planurile anuale operaționale de finanțare a proiectelor în domeniul protecției mediului și în baza deciziei structurii organizaționale responsabile de administrarea FNM.